کالبد امیر را ابتدا در همان کاشان دفن کردند. به روایت میرزا جعفر حقایق نگار خورموجى روز بعد از قتل جسدش را به گورستان «پشت مشهد» کاشان بردند. پهلوى گور حاج سید محمدتقى نامى به خاک سپردند.

 چند ماه بعد، به پایمردى همسرش عزت الدوله کالبد امیرکبیر را به کربلا حمل کردند و در اتاقى که در آن به سوى صحن امام حسین(ع) باز مى شود به خاک سپردند و این شعر حماسى پرسوز را بر سنگ گور او نقش کردند :

آه که در جهان دون، از صدمات این غما ‎/ عالم روز واپسین گشت عیان به عالما
خاک ملال از جهان، رفت به هفتم آسمان‎ / رفت به گلشن جنان، وارث آصف جما‎
کارگشایى متقى، حارس ملک دین تقى ‎/ آنکه ز سهم او شقى، شد به سوى جهنما‎
بست چه بار زین سفر، روح امیر نامور ‎/ شد زمدار تا مدر، ماه صفر محرما‎
هاتف رحمت خدا، خواند به گوش این ندا ‎/ کز در بندگى درآ، تا که شوى مکرما‎
مال وفات او ز غم، کلک سرور زد رقم ‎/ گفت که بى زیاد و کم آه امیر اعظما